Почему все программы открываются с помощью только одно программы?

Предположу что вы спрашиваете про программу start.exe, которая отвечает за запуск windows-приложений в ОС Windows. Но даже в таком случае она не единственная. Еще есть cmd.exe, через которую запускают консольные утилиты.

Если вы имели в виду "Проводник", то снова ошибаетесь - его можно заменить на стороннее приложение.

Все просто, значит эти программы выпустил производитель основной программы или имеет на них права.